森林生态系统：三江源区是一个森林资源十分贫乏的地区，全区森林覆盖率只有2.65%，其中乔木林只有0.35%，居全国末位。森林生态系统类型主要有针叶林、阔叶林和灌丛植被，野生动物资源主要有：白唇鹿、马鹿、林麝、狼、野猪、小熊猫、黄鼬、水獭、飞鼠及鸟类动物藏马鸡、雉鹑、高原山鹑、斑翅等。

    草原生态系统：草原是畜牧业发展的物质基础，具有涵养水源、保持水土、防止风沙等生态功能。全区草原面积有3654平方公里，划分为湿性草原和高寒草原两大类型。湿地草原主要分布在省内东北部的共和盆地和河湟谷地，区域面积小，覆盖稀疏；高寒草原集中分布于三江源区西北部，区域面积广，植物种类较多。主要有矮蒿草、藏蒿草、异针茅草、凤毛菊、报春花等20余种。野生动物有野驴、棕熊、藏羚、藏原羚、驴鹿、岩羊、野牦牛和种类较多的啮齿动物。

    荒漠生态系统：三江源区的荒漠生态系统是在极端干旱环境下形成的，为高寒荒漠。主要分布于昆仑山西部和可可西里地区的局部干旱环境地带，优势植物有垫状驼绒藜等数十种。

    草甸生态系统：是三江源区分布面积最大，区域最广、类型较为复杂多样的生态系统。包括草甸、高寒草甸、沼泽草甸、盐草甸四种植被类型。高寒草甸是海拔高，气候寒冷的高原或高山地区特定气候的产物，有矮蒿草、藏蒿草、异针茅草、凤毛菊、报春花等呈连续性分布，但层次和片层结构成分简单，植物生长期短，生物产量低，生态系统脆弱。